日本前首相安倍晋三8日遇刺身亡，台湾总统府发言人张惇涵9日表示，依照「国旗下半旗实施办法」规定，蔡英文总统决定，各级政府机关、机构、公立学校，7月11日下半旗一天，以感念安倍晋三毕生对台湾的卓著贡献。 

张惇涵表示，当台湾遭遇困难及挑战时，安倍前首相总是大力支持台湾，无论是推销台湾农产品，抑或奔走促成日本政府捐赠台湾疫苗，甚或开创台海及印太区域安全的战略架构，相信台湾人民感念在心。

他说，因此，蔡英文总统决定，透过下半旗方式，表达台湾对安倍前首相的追悼及感谢，也展现台湾与日本并肩同行，坚定捍卫民主自由价值的理念和决心。

随后，台湾行政院也宣布，行政院将依总统蔡英文之决定，通函相关机关转知所属机关及所辖地方政府于7月11日下半旗一天。

不过，台湾前两次下半旗是因为高雄城中城大楼火警造成46人死亡惨剧，以及前总统李登辉逝世，这次下半旗却是为了外国的卸任元首，在台湾引发正反两极看法。

「国旗下半旗实施办法」规定，下列人士逝世，经总统决定者，可降半旗，一、对国家有特殊勋劳或伟大贡献者；二、对世界和平或人类进步有伟大贡献者；三、现任友邦元首。

新党发表声明指出，安倍晋三并非现任外国元首，因此不符合规定，另安倍在首相任内一再主张修改日本和平宪法，遭日本国内反战人士质疑，显然也称不上对世界和平或人类进步有伟大贡献。新党呼吁蔡英文，要降降民进党的党旗，「不要降我们的国旗」。

律师叶庆元也在脸书质疑，安倍晋三是卸任日本首相，并不是台湾友邦的现任元首，对于台湾、世界和平或人类进步也没有伟大贡献，质疑「为什么可以下半旗？」并批评蔡英文「要媚日是妳的决定，请不要违法」。

政治评论家黄智贤也在脸书发文指出，为一个矢志恢复日本军国主义的日本人降半旗，民进党是把台湾当作日本殖民地吗？