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台湾政府表示与日本签署的渔业协议并不适用于中国大陆渔船，若中国海监船或渔船进入海域，将劝导离开或予以驱离。
台日此一经历十七年谈判后签署的协议，以经纬度划出了重迭经济水域内台湾渔船的捕鱼范围，其总面积约七万四千平方公里。
这样的捕鱼区域超过台湾原有的暂定执法线约四千五百平方公里，而在协议签署前即使在台湾所划的暂定执法线内，台湾渔船也经常遭到日本海上保安厅驱赶。
大陆渔船
在此一协议水域活动的船只除了来自台日外也来自中国，而台湾渔业署官员周四在立法院表示，大陆渔船并不在此一协议的范围内。
据渔业署说此一水域从过去到现在主要是台湾渔船在作业，中国与日本的渔船都非常少。
渔业署官员并说，对于此一特别合作的水域，台湾与日本将成立渔业委员会，相对而言两岸间并没有这样的委员会。
台湾海巡署在该协议签署后，被媒体问到中国海监船或渔船在此一协议海域活动问题时则表示，若有其它船舶进入海域，其将依规定劝导离开或予以驱离。
12海浬
台湾亚东关系协会会长廖了以（右）与日本交流协会会长大桥光夫在台北签署《日台渔业协定》
对于日方同意台方渔船在台湾原有暂定执法线约四千五百平方公里，官员称其是合理分享渔权，并否认这是日方针对禁止台渔船进入距钓鱼台12海浬海域的补偿。
渔业署在被立委问到是否台湾渔船不得进入距钓鱼台12海浬时说，其在谈判中并未同意此一限制，若台湾渔民在钓鱼台海域＂合法＂作业，台湾的船舰也会到场护渔。
在强调合法作业下，立委追问台湾渔民是否能进入钓鱼台12海浬时捕鱼，渔业署则表示可以进入。
对于此一台日历经十七年长期谈判后签署的协议，此前曾前往钓鱼台海域抗议的台湾渔民团体则表示虽不满意，但能接受。
有台湾渔民在接受媒体采访时说，过去日方船舰经常在钓鱼台12海浬外就驱赶台湾渔船，在新的协议下至少未来在12海浬外能安心捕鱼，不再有遭驱赶或罚款的风险。
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