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由于特殊的地质环境，三峡地区历来生态环境较为脆弱，在建坝蓄水以前就一直是崩塌、滑坡等地质灾害的多发区，目前整个库区已发现的崩塌、滑坡达4千多处。
BBC消息，据《了望》新闻周刊发表的文章说，三峡水库二期蓄水之后，次级河流污染加重，一些河流出现水体变黑发臭现象，还有一些河流出现浮萍和蓝藻疯狂生长的现象。
受自身地理环境所限，三峡库区自然灾害频发、水土流失严重，人多地少，又加上长期不合理的开发更加重了生态恶化。目前三峡库区蓄水以来，由于水流减缓、水体自净能力降低，次级河流开始出现水华现象，部分河段和河汊还出现大量浮萍、水葫芦等浮游植物生长繁殖。
三峡工程完成175米蓄水进入正常运行后，大坝上游将形成一个涉及多个省市、数十条次支河流，面积达到1000多平方公里，库容超过200亿立方米，核心区包括20多个区市县、上千万人口的巨型水库。
2007年4月上旬，云阳澎溪河回水区浮萍疯长，尤其是高阳段最严重，每平方米河面浮萍湿重达到5公斤，江面完全被覆盖，为此当地政府动用大量人力物力打捞浮萍2万吨。今年6月份，秭归县香溪河暴发蓝藻，持续时间10多天。
环保专家认为，三峡水库次支流水质的变化，主要是与水流减缓以及生产生活污染有关。生活污染有两方面，一是农业污染，化肥、农药的流失；二是镇场生活垃圾和污水的污染。尤其是目前库区大多数乡、镇均未建设水环境项目，居民所产生的污水大多数通过溪沟直排江河，生活垃圾无法处理，造成一定污染。
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